C'est en effet sur ce petit espace de vase desséchée que se rencontrèrent en 1659 Louis XIV, roi de France, et Philippe IV d'Espagne. C'est au même endroit, mais dans une barque au milieu de la Bidassoa, que se fit en 1526 l'échange de François I^er contre ses deux fils donnés en otages. En 1615, les ambassadeurs français et espagnols firent dans l'île des Faisans l'échange de deux fiancées royales : Isabelle, fille de Henri IV, roi de France, promise à Philippe IV, et la sœur de celui-ci, Anne d'Autriche, destinée à Louis XIII. En 1659, le mariage de Louis XIV avec la fille du roi Philippe IV y fut négocié dans une conférence qui dura trois mois, entre le cardinal Mazarin et don Luis de Haro, en même temps que le traité de paix dit des Pyrénées. Enfin les 5 et 6 juin 1660, Louis XIV et Philippe IV s'y rencontrèrent en personne pour la confirmation du traité et la conclusion du mariage.

Un monument commémoratif de la conférence de 1659 a été élevé en 1861 sur l'île des Faisans par les deux pays limitrophes.

Le 23 octobre 1940 une rencontre eut lieu entre Adolf Hitler et le général Francisco Franco, ce dernier confirmant le non-engagement de l'Espagne dans la Seconde Guerre mondiale. Depuis le traité des Pyrénées l'îlot est un condominium sous l'autorité à tour de rôle de la France et de l'Espagne, changeant de main tous les 6 mois.